Confeccionó piedras de imán esféricas y comprobó lo logrado por Norman, además, descubrió que las piedras imán en combinación con hierro multiplican el magnetismo y estudió cómo el tamaño de éstas está en relación directa con sus poderes atractivos sobre un trozo de hierro.

Tratado de magnetismo, William Gilbert
Colchester, segunda edición de 1628.

Sus estudios le llevaron a plantear que el planeta Tierra es un imán gigante cubierto de agua, rocas y tierra y su magnetismo provoca movimiento y cambio, como el de rotación de las rocas esféricas imantadas, lo cual equiparaba al giro de la Tierra sobre su eje; afirmó que el magnetismo mantiene cohesionado al mundo y se extiende por el sistema solar; para él la gravedad es mayor cuanto más es la materia; además, es magnetismo, más que puntos geométricos.

A pesar de lo interesante de sus afirmaciones, se trata de interpretaciones especulativas, aun cuando son experimentales; las hipótesis no son usadas como guías para la experimentación, y si bien teorizó, una vez realizados sus experimentos, no le siguieron otros que confirmaran sus teorías.

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Fue quien en su obra inclonclusa La gran instauración del saber (1620), unió tradición culta y artesanal; para él la comprensión científica y el control técnico de la naturaleza serían producto de la aplicación de un método que habría de ser científico. Dicho método requería de investigar nuevos principios, procesos y hechos, que comprendidos llevarían a nuevas aplicaciones. Seleccionó más de 150 temas y procesos que merecían investigación, el requerimiento principal de su método consistió en una recolección tan amplia de hechos capaz de explicar todos los fenómenos naturales. Se tendría que elaborar una lista de  fenómenos, p. e. para la naturaleza del calor, los rayos del sol, el fuego, etc., así como de fenómenos donde no estuviese presente, p. e. el calor en los rayos de la luna, el aire, el agua, etc., luego indicar grados de compararación, p. e. el calor en los animales, con la fricción y con el movimiento que lo produce; ensayar hipótesis, excluir o profundizar en las más plausibles y discriminar entre aquellas que fuesen opuestas. Poniendo en práctica su método llegó a la conclusión de que la esencia del calor es el movimiento de partículas menores.

El método de obtener hipótesis a partir de organizar hechos puede conducir a axiomas de mayor generalidad; así, el método científico de Bacon es experimental, cualitativo e inductivo. Él desconfía de las matemáticas y de la lógica deductiva; situándolas como instrumentos al servicio de las ciencias y no como dominantes de ellas; su método no recibió una acogida inmediata sino hasta el siglo XIX, en campos de la geología y biología evolucionista. En el siglo XVII el avance de la ciencia se dio con base al método matemático-deductivo elaborado por Descartes

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Se planteó, en filosofía natural, examinar y generalizar el método matemático, también construir mediante éste una imagen mécanica de las operaciones de la naturaleza. En su obra Discurso del método (1637), escribe sobre el método matemático deductivo y su concepción del mundo físico; el segundo propósito fue ampliado en su obra Principios de filosofía (1644).

Geometría, René Descartes, 1637

Discrepaba de Bacon en cuanto al empirismo de sus investigaciones, ya que creía que un estudio debía partir de las cosas que fueran medibles y de las teorías que pudieran desarrollarse matemáticamente. Para simplificar una investigación debía partirse de ideas suceptibles de expresión matemática: el movimiento, la extensión y Dios; este último fue fundamento de su sistema, en tanto creador de la extensión y del movimiento del universo, al cual consideró constante desde el momento de la creación. A partir de ello consideró posible decidir sobre los aspectos preminentes de la naturaleza. Su mayor interés estuvo en la deducción de un esquema general a partir de los primeros principios. Se podría decir: si Bacon desestimó las matemáticas, Descartes hizo algo similar con la experimentación.

Para Descartes los sentidos son engañosos, por lo cual no se puede confiar en ellos, ni en la observación misma, no así con las matemáticas dado que escapan a las incertidumbres de las percepciones. El desarrollo de su método matemático lo llevó a inventar la geometría de coordenadas. Representó figuras geométricas gráficamente por medio de ecuaciones algebraicas, esto sería útil para analizar el movimiento de un punto geométrico, base para el desarrollo del cálculo implementado por Newton y Leibnitz, y para el estudio de la relación entre masa y movimiento.

También planteó la idea de que la masa y el tiempo son dimensiones fundamentales del mundo, tanto como lo son las del espacio (longitud, anchura y profundidad). Sugirió que los movimientos naturales toman la forma de velocidad uniforme en línea recta y no en círculo como pensaba Galileo. Al identificar materia con volumen negaba que pudiera existir un hueco en el espacio o que la materia tuviera vacíos entre los átomos que la conforman.

La filosofía natural de Descartes es opuesta a la visión tradicional del mundo; los seres son mecanismos regidos por leyes mécanicas. Hace a un lado la idea de la existencia de un orden jerárquico vertical de la naturaleza, que va desde la divinidad, en la periferia del universo, pasando por la criaturas angélicas de los cielos, hasta los niveles de hombres, animales, plantas y minerales de la Tierra. El mundo físico es un sistema homogéneo y mécanico, no heterógeneo ni cualitativo de acuerdo con el tipo de alma que posee (vegetativa, animal o racional) está compuesto de seres similares, que siguen las leyes cuantitativas mecánicas, resultado del método matemático. Conforme la concepción de Descartes ganó terreno, desaparecía la visión tradicional predominate del orden jerárquico.

Descartes en la corte de la reina Cristina de Suecia , Pierre LouisDumesnil
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La naturaleza se hallaba gobernada por leyes las cuales se equiparaban a los pricipios de la mecánica; Dios gobernaba el universo mediante leyes de la naturaleza dadas desde su creación, lo que hacía innecesario el poder de seres angélicos que rigieran día a día.