El sitio está localizado en el centro de las tierras bajas del Norte de Yucatán, sobre más de 300 hectáreas de superficie sobre la planicie calcárea, entre la vegetación de la selva baja espinosa. De la fauna podemos citar a: la boa; el cocodrilo de pantano; tortuga de carey; flamenco rosa; hocofaisán; pato real mexicano; jaguar o tigre de América y el venado de cola blanca. De la flora se encuentran: caoba; cedro; ceibo; mangle rojo; tecota y kitanché; el territorio de la península carece de agua corriente en la superficie, por lo que los cenotes fueron los únicos sitios donde el hombre podía obtener el líquido vital. De ahí el origen del nombre de este centro ceremonial (chi, boca, y chen, pozo) que significa la boca del pozo de los itzaes o brujos del agua.
